In realtà, le PA hanno già iniziato a utilizzare Linux, in particolare verso le strutture server. Per le parte desktop, come credo tu voglia intendere, c'è parecchio ritardo, dovuto in gran parte a due aspetti:
1) lo stravolgimento delle abitudini del personale, e l'enorme ricondizionamento delle strutture che, come puoi ben immaginare, comporta non pochi problemi, tra i quali anche il costo; quest'ultimo, ovviamente non casuato dal software per se stesso, ma alla modifica delle strutture e al relativo addestramento.
2) come per tutte le grandi aziende, pubbliche e private, gli aggiornamenti comportano sempre spese enormi, e qualsiasi modifica deve seguire un iter molto lungo.
Oltre a questi due punti principali, ci sono anche altri aspetti, economici e politici (di non poco conto...).
Per farla breve, il punto fondamentale non è il software utilizzato, ma bensì tutto il meccanismo che ci gira intorno.
Poi, le aziende fornitrici, sono poco propense a proporre software open, a cause delle stesse problemagtiche di cui sopra.
Comunque, su questo discorso, ci sarebbe da parlarne a iosa...