Penso che il tuo maggior problema sia la password di root vero?
in questo caso puoi scrivere:
SHELL "gksudo apt-get install " & nome_programma
Spero di esserti stato d'aiuto
Ad ogni modifica delle check box devi impostare
nome_programma &= checkboxN.text
in questo modo il pezzo di codice che ti ho detto prima funziona....