Beh, che Compiz dia problemi è possibile. Infatti è il motivo per cui solo da pochissimo tempo è stato attivato di default.
Prova a fare così per risolvere il tuo problema...
Prima di disinstallare Compiz, apri un terminale e dai
O, se non funziona:
metacity --replace --display=:0
Questo dovrebbe fermare Compiz e dire a Metacity, che è il window manager di Gnome, di riattivarsi e riprendere a disegnare gli elementi decorativi delle finestre.
Dopo questo disinstalla Compiz.