Usati nelle funzioni base, MySQL e SQLite si assomigliano tantissimo, tant'è che io ho convertito un mio gestionale da SQLite3 a MySQL semplicemente riscrivendo le mie funzioni di gestione in Gambas adattandole a MySQL (che richiede per la connessione qualche parametro in più, tipo host ecc...).
Per la creazione delle tabelle penso tu possa creare un semplice file di testo contenente le query SQL necessarie a tirar su tutto l'archivio di cui abbisogna il tuo programma. Non è difficile, perché basta creare il necessario e, prima di popolare eventuali tabelle, fare un backup del database usando
mysqldump --single-transaction --host=.. --user=.. --password= .. nome_archivio > file_di_backup
che poi farai reimportare sul PC destinatario del tuo programma con
mysql --one-database nome_archivio < file_di_backup -u root -p
(qui dovrai inserire la password dell'utente root di MySQL).
Non sono bravissimo con la gesione dei DB con query SQL per cui qualcuno potrebbe suggerirti un modo più corretto/veloce/preciso.