per il file config quello che dici è giusto ed è il normale comportamneto che ci si deve aspettare da gambas e da un pacchetto deb.
naturalmente il file di config non lo includi nel pacchetto ma lo puoi ricreare al primo avvio del programma oppure man mano che le opzioni vengono modificate, ti ricordo a tal proposito che settingds in lettura permette di inserire un valore di default che verrà utilizzato in mancanza di indicazioni per quella opzione nel file .conf
ad esempio se io scrivo
nome_utente=["user/nome","pippo"]
gambas utilizzerà il valore pippo come predefinito se non trova la sezione user con identificatore nome o addirittura se proprio non trova il file config, in questo modo tu puoi distribuire il tuo programma senza la necessità di un file .conf preesistente in quanto tutte le variabili che vengono lette dal .conf hanno dei valori di default, man mano che l' utente cambierà i valori questi verranno scritti nel file conf e riletti nei prossimi utilizzi.
Se creo il DEB con Gambas 3 (Che comunque, per qualche oscuro motivo, ancora non vuole installarsi), c'è rischio che andando in un'altra macchina che non possiede i repository a Gambas 3, essa non riesca ad installare le dipendenze?
non solo , proprio non riusciresti ad installarlo se il pc ospite non ha i repo di g3