L'xml diventa essenziale se devi scrivere impostazioni nidificate più di due livelli.
Settings, dato che riprende il discorso dei vecchi file .INI di Windows, ha la facilità di un testo con associazioni di label e valori, sotto un gruppo.
Se, ad esempio, il valore stesso è un gruppo, in cui sono contenute ulteriori voci, allora la cosa diventa più complessa e un pò difficile da gestire con Settings.
Tieni inoltre conto che Setting non fà verifiche su come è strutturato un file ini. Diversamente le classi XML hanno la possibilità di fare uun parsing del file e verificarne la congruenza, financo dei dati inclusi.
Se, nel tuo caso, non hai la necessità di eccessive e complicate impostazioni, anche in previsione di ulteriori espansioni future, allora puoi benissimo utilizzare Settings.
In ogni caso, potresti comunque sostituire in futuro la lettura delle configurazioni con una versione xml, basta che il codice lo inserisci in un contesto di facile manutenibilità...