Ciò che mi ha fatto apprezzare Ubuntu, ed in generale le distribuzioni derivate da Debian (prima ero un accanito fan di Suse, che ho usato per svariati anni ed a cui ho anche contribuito in maniera attiva, facendo parte del team di localizzazione in italiano di Suse 10.3), è lo straordinario sistema di gestione dei pacchetti.
apt-get/aptitude e la loro controparte grafica Synaptic permettono di gestire il sistema come meglio si vuole.
Nel caso della nostra Persistent, Synaptic permette di usare 2 canali differenti per la gestione dei pacchetti, uno dedicato a quelli presenti nei repo ed uno dedicato a quelli da usare per gli aggiornamenti. Come ho scritto nella guida, bisogna abilitare tutti i repo mentre nel contempo vanno disattivati tutti quelli per l'aggiornamento.
Questo si ottiene molto facilmente usando l'apposito tool di Ubuntu "Sorgenti software", disponibile in Sistema/Amministrazione (qui sotto trovi lo screenshot preso dalla mia 8.04 del desktop ma la sostanza non cambia):
1) qui devi abilitare tutti i repo, altrimenti Ubuntu non troverà diversa roba per la compilazione;
2) qui devi abilitare i canali secondari di archive.ubuntu;
3) qui, invece, vanno disabilitate tutte le 4 voci inerenti gli aggiornamenti. In questa maniera si eviterà che Ubuntu proponga degli update che vadano a corrompere il sistema.
Fatto questo, chiudendo la maschera il sistema avvertirà che è stata cambiata la lista dei sorgenti del software e chiderà di ricaricarla. Fallo, altrimenti non potrai ancora vedere tutti i pacchetti presenti nei repo che hai aggiunto. Se ci fai caso, prima di queste operazioni Synaptic ti dirà che ha solo qualche migliaio di pacchetti disponibili (il primo numero in basso a sinistra) ma dopo l'aggiornamento dei repo ti darà sui 25000 pacchetti!
Ah, per quanto riguarda l'aggiornamento, se proprio vuoi attivare un canale, abilita solo il primo (hardy-security) in 3). Ma, comunque, evita di aggiornare per esempio anche i pacchetti relativi a Gnome, che sennò blocchi il desktop (te lo dico per esperienza diretta).
Ah, altra cosa. Ho provato anche a mettere il repo Medibuntu (quello che contiene il software non libero quali i codec Win32 ed MP3): si installa quasi tutto tranne Java ed il suo plugin.