Tanto per informarti, gambas e l'oggetto Paint non gestisce i livelli.
In PgDesigner3 stò lavorando pesantemente sulla funzionalità Paint e sul disegno su una DrawingArea.
Quello che devi fare è creare degli oggetti non grafici, che contengano le proprietà per poter disegnare figure sulla drawingarea, e usare i metodi e gli eventi della drawingarea per disegnarli.
Il movimento devi anch'esso gestirlo manualmente, intercettando gli eventi del mouse, capire quale oggetto è selezionato, modificarne le coordinate in base ai movimenti del mouse, e quant'altro.
Se vuoi, puoi scaricarti PgDesigner3 (versione alpha), in cui è presente una classe apposita (Canvas), e una serie di oggetti predefiniti (in base all'esigenze di pgDesigner). La classe Canvas è abbastanza a sè stante, per cui puoi estrapolarla senza grossa fatica. Gli oggetti grafici e la gestione puoi prender come esempio quelli che ho creato.